Data: 05.03.2006
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Data: 05.03.2006 |
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Il presente questionario deve essere compilato in ogni suo campo per ogni nuova applicazione. Esso punta a raccogliere informazioni rilevanti per valutare l'adeguatezza delle applicazioni del progetto TriGrid VL e di migliorare il supporto tecnico. |
| Partner: BIOLAB-DIST - UNIVERSITY OF GENOA |
| Autore/i: Canesi Barbara, Molinari Elisa, Porro Ivan, Schenone Andrea, Torterolo Livia |
| DESCRIZIONE DELL'APPLICAZIONE |
| Descrivi brevemente
l'applicazione Applicazione per la diagnosi precoce del morbo di Alzheimer La nostra applicazione, che si inserisce nel settore biomedicale, consiste in un metodo per la diagnosi precoce di malattie neurodegenerative ed in particolare del morbo di Alzheimer, attraverso l’analisi statistica di immagini PET e SPECT. Studi SPECT e PET di perfusione e metabolismo cerebrale sono convenzionalmente refertati da parte del medico nucleare sulla base di una valutazione soggettiva della presenza di aree di ipo-captazione del tracciante radioattivo. Per ottenere una tecnica per la refertazione il più possibile oggettiva, è stato proposto l’uso della tecnica Statistical Parametric Mapping (SPM) che, attraverso un’analisi statistica basata sul confronto di uno studio PET o SPECT in un soggetto patologico con una banca dati di studi di riferimento, permette di riconoscere le regioni cerebrali ad aumentato flusso o metabolismo rispetto ad un quadro di normalità. L’analisi statistica diventa tanto più precisa e affidabile quante più immagini di controllo si hanno a disposizione per il confronto. Principale motivazione per lo sviluppo di questa applicazione è risultata l’elevata difficoltà da parte dei centri diagnostici nella raccolta del gruppo di controllo di soggetti normali, requisito fondamentale per l’applicazione stessa del metodo statistico, e lo sforzo temporale per l’acquisizione dell’esperienza e dell’indipendenza metodologica necessari per effettuare l’analisi statistica e l’interpretazione dei risultati. Obiettivo primario è stato quello di sviluppare un sistema che consente di accedere agli studi topografici dei pazienti normali senza spostarli fisicamente dalla loro localizzazione geografica (strutture ospedaliere). Questo per diversi motivi: - evitare il passaggio sulla rete di dati coperti dal diritto alla privacy - consentire, ad ogni struttura ospedaliera che si mette a disposizione per il servizio, di gestire il proprio database - evitare un notevole sovraccarico di un'unica macchina e di un'unica struttura che dovrebbe altrimenti gestire e memorizzare una grossa e variabile quantità di dati. - usufruire dell’ottima politica di certificazione fornita dal middleware Per rispondere a queste esigenze si è scelto di utilizzare il middleware LCG ed i componenti offerti da tale Grid che offrono al medico la possibilità di accedere a tutto il database distribuito di pazienti normali e recuperare tutte le informazioni necessarie per poter fare una diagnosi il più accurata possibile, senza spostare le immagini dalle diverse strutture ospedaliere. Grazie all’utilizzo di questa piattaforma, il medico potrà effettuare l’analisi statistica su tutte le immagini desiderate come se fossero presenti sul proprio computer locale (mentre in realtà sono distribuite geograficamente) e gli utenti potranno accedere al servizio solo previa certificazione sulla griglia e solo dopo aver frequentato un corso specialistico riconosciuto per l’apprendimento dell’uso di SPM. |
| CARATTERISTICHE DELL'APPLICAZIONE |
1) L'applicazione e': |
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2) L'applicazione: Produce e/o richiede accesso a molti dati |
| 3) L'applicazione e' interattiva?
SI |
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4) L'applicazione e' gia' interfacciata ad altri middleware grid?
Si.oltre a LCG, è interfacciata a SRB e AliEn |
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5) Quante persone lavorano o lavoreranno allo sviluppo dell'applicazione? 3-4 persone |
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6) Quanta esperienza di grid hanno queste persone? 2 anni circa |
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7) L'applicazione ha requisiti di sicurezza? Si. sicurezza sui dati e immagini mediche e sui permessi degli utenti |
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8) I dati di input e output devono essere riservati? All'insieme degli utenti dell'applicazione |
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9) I dati verranno condivisi con altri soggetti al di fuori degli utenti partecipanti al Progetto? Si.ancora da definire |
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10) Quale e' la dimensione tipica del pacchetto di applicazione software? circa 50 Mb |
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11) L'applicazione software: |
| REQUISITI IN TERMINI DI RISORSE NECESSARIE PER L'ESECUZIONE |
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1) Indicare il tempo di CPU necessario all'esecuzione di un singolo job
pochi minuti |
| 2) Indicare la quantita' di RAM
richiesta all'esecuzione di un singolo job Circa 20 Mb |
| 4) Numero previsto di jobs al mese dipende dal numero di utilizzatori dell'applicazione |
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5) Numero previsto di jobs contemporaneamente in esecuzione
5-10 jobs |
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6) Indicare la quantita' di disco richiesto per ogni esecuzione dell'applicazione
3-4 Mb |
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7) Numero previsto di utilizzatori dell'applicazione ancora da definire |
| DIPENDENZE |
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1) Indicare il Sistema Operativo e la versione su cui funziona l'applicazione
Scientific Linux CERN Release 3.0.4 (SL) |
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2) Indicare il Compilatore utilizzato c++ (GCC) 3.2.3 20030502 (Red Hat Linux 3.2.3-42) |
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3) Indicare se l'applicazione richiede un database No |
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4) Indicare se l'applicazione richiede altre librerie No |
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5) Indicare se l'applicazione richiede software commerciale SI. matlab |
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Fate i Vostri commenti, grazie. |